ശ്രീ മഹാവിഷ്ണു ഭഗവാനെ അതിവിശിഷ്ടമായി അലങ്കരിച്ച് ആരാധിക്കുന്ന ഒരു ദിവ്യ അലങ്കാരപൂജയാണ് നിറമാല. ക്ഷേത്രത്തിൽ എല്ലാ വ്യാഴാഴ്ചകളിലും കാലത്ത് ഭക്തിപൂർവ്വം നടത്തിവരുന്ന പ്രധാന വഴിപാടാണ് ഇത്.
കാലത്ത് നിർമ്മാല്യ ദർശനത്തോടെ ആരംഭിക്കുന്ന നിറമാല പൂജയിൽ ഗണപതി ഹോമം, നാഗപൂജ, ഗണേശ പൂജ, അയ്യപ്പസ്വാമി പൂജ, ദുർഗ്ഗാദേവി പൂജ, ഉഷപൂജ, ഉച്ചപൂജ എന്നിവ സമർപ്പിക്കുന്നു.
ഈ പൂജാക്രമങ്ങളൊക്കെയും സോപാനസംഗീതത്തിന്റെയും ഇടക്ക വാദ്യ മേളത്തിന്റെയും അർപ്പണത്തോടെ ഭക്തിപൂർവ്വം ആചരിച്ചു വരുന്നു. തുടർന്ന് സർവാലങ്കാര ഭൂഷിതനായ ശ്രീ മഹാവിഷ്ണു ഭഗവാനെ ദിവ്യമായി ആരാധിക്കുന്നു.
വ്യാഴാഴ്ച ദിനത്തിന്റെ മഹത്വത്തോടുകൂടി നടത്തുന്ന നിറമാല പൂജ, ഭക്തർക്ക് ഉദ്ദിഷ്ടകാര്യ സിദ്ധിക്കും ഐശ്വര്യസമൃദ്ധിക്കും അത്യന്തം ഉചിതമായ ഒരു വിശേഷ വഴിപാടാണ്.